Virus RNA

Virus RNA adalah virus yang memiliki RNA (asam ribonukleat) sebagai materi genetik. Asam nukleat yang dimiliki biasanya RNA beruntai tunggal (single stranted RNA / ssRNA) tetapi mungkin RNA beruntai ganda (double stranded RNA / dsRNA). ICTV mengklasifikasikan virus RNA sebagai yang terdaftar dalam Grup III, Kelompok IV atau Kelompok V sistem klasifikasi Baltimore (klasifikasi virus), dan tidak menganggap virus dengan DNA sebagai perantara virus RNA. Perlu dicatat bahwa  penyakit manusia yang terkemuka disebabkan oleh virus RNA. termasuk SARS, flu dan hepatitis 

Karakteristik

Virus RNA beruntai tunggal  dan Sense RNA

Virus RNA dapat diklasifikasikan lebih lanjut sesuai dengan sense atau polaritas RNA-nya ke sense-negatif dan sense-positif, atau virus RNA ambisense. Virus RNA sense positif mirip dengan mRNA sehingga dapat segera diterjemahkan oleh sel inang. Virus RNA sense-negatif  ini melengkapi mRNA dan dengan demikian harus diubah menjadi  RNA sense-positif dengan RNA polimerase sebelum penerjemahan. Dengan demikian, RNA dimurnikan dari virus sense-positif secara langsung dapat menyebabkan infeksi meskipun mungkin kurang menular dari seluruh partikel virus. Virus RNA sense-negatif tidak menular dengan sendirinya karena perlu ditranskripsi menjadi RNA sense-positif, namun virion masing-masing dapat ditranskripsi ke beberapa RNA sense positif. Virus RNA ambisense menyerupai virus RNA sense-negatif, kecuali mereka juga menerjemahkan gen dari untai positif.

Virus RNA beruntai ganda (Double-stranded RNA virus)

Virus RNA beruntai ganda (dsRNA) mewakili berbagai kelompok virus yang sangat bervariasi dalam hal inangnya (manusia, hewan, tumbuhan, jamur, dan bakteri), nomor segmen genom (1-12), dan organisasi virion (T-nomor , lapisan kapsid, atau menara). Anggota kelompok ini termasuk rotavirus, yang terkenal secara global sebagai penyebab paling umum gastroenteritis pada anak-anak, dan virus bluetongue, sebagai patogen ekonomis penting ternak dan domba. Dalam beberapa tahun terakhir, kemajuan luar biasa telah dibuat dalam menentukan, pada tingkat atom dan subnanometeric, struktur dari sejumlah protein virus utama dan dari capsids virion dari beberapa virus dsRNA, dan menyoroti paralel yang signifikan dalam struktur dan proses replikasi dari banyak virus ini.

Mutasi tingkat

RNA virus umumnya memiliki tingkat mutasi yang sangat tinggi dibandingkan dengan virus DNA, karena virus RNA polimerase tidak memiliki kemampuan membaca-bukti (proof-reading) DNA polimerase . Ini adalah salah satu alasan mengapa sulit untuk membuat vaksin yang efektif untuk mencegah penyakit yang disebabkan oleh virus RNA. Retrovirus juga memiliki tingkat mutasi yang tinggi meskipun DNA mereka antara terintegrasi ke dalam genom inang. Beberapa gen virus RNA yang penting untuk siklus replikasi virus dan mutasi tidak ditoleransi. Sebagai contoh, daerah genom virus hepatitis C yang mengkode protein inti sangat kekal, karena mengandung struktur RNA yang terlibat dalam sebuah situs entri internal yang ribosom.

Replikasi

RNA virus diklasifikasikan menjadi tiga kelompok yang berbeda tergantung pada genom mereka dan mode replikasi (dan kelompok numerik berdasarkan klasifikasi Baltimore tua):

Double-stranded RNA virus (Kelompok III) mengandung dari satu ke selusin RNA molekul yang berbeda, masing-masing kode untuk satu atau lebih protein virus.

Positif-sense ssRNA virus (Kelompok IV) genom milik mereka langsung dimanfaatkan seakan mRNA, menghasilkan sebuah protein tunggal yang dimodifikasi oleh inang dan protein virus untuk membentuk berbagai protein yang diperlukan untuk replikasi. Salah satunya termasuk RNA-dependent RNA polimerase, yang salinan RNA virus untuk membentuk bentuk replikatif beruntai ganda, pada gilirannya ini mengarahkan pembentukan virion baru.

Negatif-sense ssRNA virus (Kelompok V) genom milik mereka harus disalin oleh RNA polimerase untuk membentuk RNA positif sense. Ini berarti bahwa virus harus membawa bersama dengan itu RNA tergantung RNA-enzim polimerase. Molekul RNA sense positif kemudian bertindak sebagai mRNA virus, yang diterjemahkan menjadi protein oleh ribosom inang. Protein yang dihasilkan melanjutkan dengan mengarahkan sintesis virion baru, seperti protein kapsid dan RNA replikase, yang digunakan untuk menghasilkan sense baru yang negatif-molekul RNA.

Retrovirus (Kelompok VI) memiliki genom RNA beruntai tunggal, tetapi umumnya tidak dianggap virus RNA intermediet karena mereka menggunakan DNA untuk meniru. Reverse transcriptase, enzim virus yang berasal dari virus itu sendiri setelah uncoated, mengubah RNA virus menjadi DNA untai komplementer, yang disalin untuk menghasilkan molekul untai ganda DNA virus. Setelah DNA ini terintegrasi, ekspresi dari gen yang dikode dapat menyebabkan pembentukan virion baru.

Klasifikasi

Klasifikasi virus RNA untai positif didasarkan pada RNA polimerase RNA bergantung. Tiga kelompok telah diakui

I. picornavirus, nodaviruses, comoviruses, nepoviruses, potyviruses, bymoviruses, sobemoviruses dan subset dari luteoviruses (bit barat kuning dan virus kentang leafroll).

II. Carmoviruses, tombusviruses, dianthoviruses, sebuah subset dari luteoviruses (jelai virus kerdil kuning), pestiviruses, virus hepatitis C, flaviviruses dan single-stranded RNA bakteriofag.

III. Tobamoviruses, tobraviruses, hordeiviruses, tricornaviruses, bit virus kuning, alphavirus, rubiviruses, furoviruses, virus hepatitis E, potexviruses, carlaviruses, tymoviruses dan apel virus klorosis daun tempat.

Pekerjaan tambahan telah mengidentifikasi lima kelompok positif virus RNA beruntai berisi empat, tiga, tiga, tiga dan satu ordo masing-masing. ini berisi empat belas perintah keluarga virus 31 (termasuk 17 keluarga dari virus tanaman) dan 48 genera (termasuk 30 genera virus tanaman).

Kelompok III - virus dsRNA

• Family Birnaviridae 
• Family Chrysoviridae 
• Family Cystoviridae 
• Family Endornaviridae 
• Family Hypoviridae 
• Family Partitiviridae 
• Family Picobirnaviridae 
• Family Reoviridae - includes Rotavirus 
• Family Totiviridae 
• Unassigned genera 
• Endornavirus 
• Varicosavirus 
• Unassigned species 
• Sclerotinia sclerotiorum debilitation-associated virus

Group IV - positive-sense ssRNA viruses

• Order Nidovirales 
• Family Arteriviridae 
• Family Coronaviridae - includes Coronavirus, SARS 
• Family Roniviridae 
• Order Picornavirales 
• Family Bacillariornaviridae 
• Family Caliciviridae - includes Norwalk virus 
• Family Dicistroviridae 
• Family Iflaviridae 
• Family Labyrnaviridae 
• Family Marnaviridae Family Picornaviridae - includes Poliovirus, the common cold virus, Hepatitis A virus 
• Family Potyviridae 
• Family Secoviridae includes subfamily Comovirinae 
• Family Sequiviridae 
• Order Tymovirales 
• Family Alphaflexiviridae 
• Family Betaflexiviridae 
• Family Gammaflexiviridae 
• Family Tymoviridae 
• Unassigned 
• Family Alvernaviridae 
• Family Astroviridae 
• Family Barnaviridae 
• Family Bromoviridae 
• Family Closteroviridae 
• Family Flaviviridae - includes Yellow fever virus, West Nile virus, Hepatitis C virus, Dengue fever virus 
• Family Leviviridae 
• Family Luteoviridae - includes Barley yellow dwarf virus 
• Family Narnaviridae 
• Family Nodaviridae 
• Family Tetraviridae 
• Family Togaviridae - includes Rubella virus, Ross River virus, Sindbis virus, Chikungunya virus 
• Family Tombusviridae 
• Family Virgaviridae 
• Unassigned genera 
• Genus Benyvirus 
• Genus Hepevirus - includes Hepatitis E virus 
• Genus Idaeovirus 
• Genus Ourmiavirus 
• Genus Sobemovirus 
• Genus Umbravirus 
•  Unassigned species 
• Chronic bee paralysis associated satellite virus 
• Extra small virus [edit]Group V - negative-sense ssRNA viruses 


Group V - negative-sense ssRNA viruses

• Order Mononegavirales 
• Family Bornaviridae - Borna disease virus 
• Family Filoviridae - includes Ebola virus, Marburg virus 
• Family Paramyxoviridae - includes Measles virus, Mumps virus, Nipah virus, Hendra virus 
• Family Rhabdoviridae - includes Rabies virus 
• Unassigned families: 
• Family Arenaviridae - includes Lassa virus 
• Family Bunyaviridae - includes Hantavirus, Crimean-Congo hemorrhagic fever 
• Family Ophioviridae 
• Family Orthomyxoviridae - includes Influenza viruses 
• Unassigned genera: 
• Genus Deltavirus Genus Nyavirus[17] - includes Nyamanini and Midway viruses 
• Genus Tenuivirus 
• Unassigned species: 
• Taastrup virus

Read More